 南方醫科大學深圳口腔醫院（廣東省深圳牙科醫療中心）于1983年，由五十年代留法歸國的原廣東省口腔醫院黃銘楷院長創立，原直屬于廣東省衛生和計劃生育委員會，為非盈利性正處級公益二類事業單位。2016年底根據省委省政府決策整體移交給南方醫科大學管理，作為南方醫科大學的附屬單位，并更名為南方醫科大學深圳口腔醫院，同時保留廣東省深圳牙科醫療中心原有名稱。南方醫科大學深圳口腔醫院是迄今深圳市唯一一間公立口腔專科醫院，地處深圳市羅湖區建設路，緊鄰深圳火車站及羅湖海關，是一家立足特區、面向港澳、服務珠三角的現代化口腔專科醫院。
伴隨著中國改革開放的步伐，南方醫科大學深圳口腔醫院（廣東省深圳牙科醫療中心）誕生于深圳經濟特區初創時期，于1983年2月正式落成開診，建院至今無間斷為廣大群眾開展口腔醫療服務。建院初期醫院即全部裝配國際先進的歐美牙科設備，并在中國大陸首先實行牙科四手操作治療服務。舒適的環境、優質的診療服務，吸引了大批包括珠江三角洲及港澳地區在內的患者就診；醫院同時承擔了深圳市保健辦的部分保健任務，長期為中央、省、市領導及國家駐港機構人員提供保健、診療服務，贏得社會各界人士的贊譽，取得較好的社會效益和經濟效益，多次被評為國家、省的文明先進單位。
醫院領導班子團結務實、開拓創新、勵精圖治、大刀闊斧地開展了一系列改革工作，創新發展理念，拓展服務空間，調整科室布局，擴大門診用房，斥巨資加強硬件的投入，購進大量先進醫療設備，陸續引進開展了口腔種植、口腔顯微根管治療、根管治療熱牙膠垂直加壓充填、無痛局部麻醉、口腔CT掃描、口腔X線數碼攝像等高新診療項目；同時，在醫療服務方面，醫院提出了全新的服務理念，以病人為中心，加強人性關懷，將就醫的過程變成一種愉快的享受。應用現代化計算機系統，實現了預約、掛號、診療、收費的網絡化管理。嚴格醫護人員服務操作規范，全面推行醫院感染控制管理，實行“一人一機一消毒”，全面杜絕交叉感染，保證患者的醫療安全，讓病人在醫院享受到優質高效的醫療服務。
醫院堅持一貫地積極參加“全國愛牙日”活動，舉辦口腔健康咨詢、義診、講座等公益活動，采取多種形式向公眾進行有關口腔疾病防治科普知識宣傳；自覺參加原廣東省衛生廳組織的對口扶貧幫困工作以及對災區群眾的捐贈工作，擔當社會責任。
醫院設有牙體牙髓、牙周（粘膜）病、口腔正畸、口腔修復、口腔種植（口腔頜面外科）、專家診室、潔牙、口腔技工、放射、藥房等專業科室，獨立牙科診位37個。中心現有員工101人，包含執業醫師34人及注冊護士42人，前者擁有高級職稱者8人，博士/碩士生導師2人，中級職稱23人；擁有博士學歷者4人，碩士學歷者19人。醫院診療收費嚴格執行《深圳市非營利性醫療機構醫療服務價格》標準，目前可使用深圳醫保。
2017年南方醫科大學深圳口腔醫院（廣東省深圳牙科醫療中心）又迎來新的發展機遇，醫院將以南方醫科大學的醫學體系為背景，充分利用大學的教育和科研優勢，努力促進醫、教、研協同發展，按照三級甲等口腔專科醫院模式建設，樹立醫療特色，提升醫療技術核心競爭力，做大做強。 醫院將本著全心全意為人民服務的宗旨，繼續奮發圖強，銳意改革，與時俱進，再創輝煌！
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